Сюжет основывается на начале Naruto Shippuuden. Узумаки Наруто возращается  с Дзирайей после долгих тренировок в Коноху, где ему очень рады. Команда №7 ходит на миссии в новом составе: Наруто, Сакура, Сай и Ямато.
Мадара отловил Саске до битвы с Итачи и рассказал всю правду о Том дне, и что Итачи уже вернулся в Коноху.Теперь Саске  планирует расформировать Хеби и тоже возратиться в Коноху, причем Карин рассчитывает увязаться вместе с Учихой, а Суйгецу с Карин, захватив Дзюго, как предлог. Самому Дзюго на все это пофигу - он хочет уединиться на природе с обитателями лесов и равнин. Чудом выживший Асума и Куренай поженились и ждут прибавления в семействе. Киба и Шино заметили Хинату и поглядывают в ее сторону, в то время как Хината замечает уже не только Наруто, а и других представителей мужского пола. Сам Наруто сбежал в Акацуки, к огромному горю Сакуры, не узнавшей об этом вовремя и не успевшей вовремя остановить Узумаки, также любившего Сакуру. Тен Тен встречается с Неджи и спасается от ревности Рок Ли, который для себя решил, что его жизнь - это тренировки с Гаем и что он должен пойти по стопам своего учителя и начать соперничать с учеником Какаши, то есть с Наруто. Тем временем Конохамару изобретает все более и более извращенские дзюцу, за что ему частенько достается от Моэги, Удон же остается в стороне, хотя втайне поддерживает Конохамару. Ино полностью влюбилась в Сая и теперь намеренна познакомить его с миром эмоций.
Немного о песчанниках.. Гаара все также казекаге, добившийся признания в Суне. Канкуро теперь учится искусству у Сасори. Темари встречается с Шикамару и разрывается на две деревни.
Акацуки временно затихли, хотя Дейдара порой устраивает немаленькие БУМы. Охота за джинчурики не прекратилась, Кьюби временами пытаются выкрасть из Конохи, и для Тсунаде это становится большой проблемой. Кстати, Пятую и Дзирайю последнее время стали частенько замечать вместе в кабаках... И не только их! Акацуки ищут себе вторых половинок в других деревнях и, можно сказать, уже нашли, только никому не рассказывают! XDD В курсе дел друг у друга лишь Дейдара и Сасори как хорошие друзья. Все повлюблялись, и теперь лишь Мадара и Пейн настроены воинственно.
Кабуто одной из техник переселил Орочимару из себя, и теперь они оба замышляют привлечь на свою сторону побольше союзников, планируя ставить на будущих приспешников, проклятые печати... А пока они правят небольшой деревенькой, захваченной Орочимару. Кстати, глава Ото заключил перемирие с Конохой, но не очень его соблюдает. А в Суне догадываются о планах Орочимару, но старейшины Конохи это отрицают и свято верят в мировое соглашение...